Oxford Nanopore
Программное обеспечение EPI2ME
Готовые аналитические workflows для данных нанопорового секвенирования, локально или в облаке
EPI2ME — набор готовых аналитических workflows, превращающих данные нанопорового секвенирования в интерпретируемые результаты.
Запросить КППреднастроенные процессы охватывают сборку, варианты, метагеномику, транскриптомику и другие задачи. Пользователь получает интерактивные отчёты и может запускать анализ через графический интерфейс либо командную строку, локально или в облаке.
Поддерживаются macOS, Windows и Linux; workflows используют результаты MinKNOW и формируют структурированные отчёты. Требования к CPU/GPU, памяти и диску зависят от выбранного процесса и объёма данных; версии контейнеров и параметров фиксируются для воспроизводимости.
Готовые сценарии анализа
- Преднастроенные workflows охватывают сборку, поиск вариантов, метагеномику, транскриптомику и другие задачи
- Пользователь получает интерактивные отчёты по результатам анализа
Гибкость запуска
- Запуск через графический интерфейс либо через командную строку
- Анализ выполняется локально или в облаке
Совместимость
- Поддерживаются macOS, Windows и Linux
- Workflows используют данные, полученные MinKNOW
- Требования к CPU/GPU, памяти и диску зависят от выбранного workflow и объёма данных
Функции
| Параметр | EPI2ME |
|---|---|
| Назначение | анализ данных нанопорового секвенирования по готовым workflows |
| Область workflows | сборка геномов, поиск вариантов, метагеномика, транскриптомика |
| Интерфейс | графический интерфейс и командная строка |
| Развёртывание | локально или в облаке |
Совместимость
| Параметр | EPI2ME |
|---|---|
| Операционные системы | macOS, Windows, Linux |
| Источник данных | результаты MinKNOW (POD5/FASTQ/BAM) |