Yokogawa
Программное обеспечение для высококонтентного анализа CellPathfinder
От изображения клетки до количественного результата: анализ, машинное и глубокое обучение
CellPathfinder — программная среда Yokogawa для превращения больших массивов HCA-изображений в воспроизводимые количественные результаты.
Запросить КПГотовые протоколы и визуальный рабочий процесс упрощают сегментацию, измерение и сравнение клеток по лункам и временным точкам. Поддерживаются 3D-анализ Z-стеков, трекинг, графики, гейтинг, расчёты Z-фактора и EC50/IC50, а также Machine Learning и Deep Learning для сложных фенотипов и label-free задач.
CellPathfinder работает с системами CQ1 и CellVoyager. Конфигурация выделенной рабочей станции в официальном бюллетене включает 128 ГБ ОЗУ, системный диск 1 ТБ, хранилище 4 ТБ, Windows 11 IoT Enterprise 64-bit, GPU NVIDIA RTX A400 или RTX 4000 Ada и два монитора 2560×1440; состав зависит от версии поставки.
Возможности анализа
- Базовые функции: подсчёт клеток, клеточный цикл, морфология колоний и сфероидов, отслеживание кальциевых сигналов и нейритов
- 3D, тайловый и текстурный анализ с построением графиков: bar, line, pie, scatter, heatmap, histogram
- Расчёт EC50/IC50 и Z'-фактора для количественной оценки экспериментов
Машинное и глубокое обучение
- Опциональные модули сегментации и гейтинга на основе Machine Learning и Deep Learning
- Label-free анализ светлопольных изображений без окрашивания клеток
- Отслеживание объектов и дочерних клеток после деления для анализа клеточных линий
Совместимость и вывод данных
- Работает с CellVoyager CV8000, CQ1, CQ3000 и Single Cellome SS2000
- Экспорт числовых данных в CSV, изображений — в PNG/JPEG/TIFF, видео — в WMV и MPEG4
- Готовые аналитические протоколы для быстрого старта без экспертизы в анализе изображений
Модули и функции
| Параметр | CellPathfinder |
|---|---|
| Базовые функции | 3D-анализ, тайловый и текстурный анализ, графики, 3D Viewer, EC50/IC50, Z'-фактор |
| Опциональные функции | отслеживание области во времени и объектов, гейтинг (квадродерево, прямоугольный, полигональный, линейный), CE Bright Field, Machine Learning и Deep Learning (сегментация, подсчёт клеток, гейтинг, EC50/IC50) |
| Режимы анализа | одиночный, пакетный, автоматизированный |
Совместимость и данные
| Параметр | CellPathfinder |
|---|---|
| Совместимое оборудование | CellVoyager CV8000, CQ1, CQ3000, Single Cellome SS2000 |
| Форматы вывода | числовые данные — CSV; изображения — PNG/JPEG/TIFF; видео — WMV, MPEG4 |
Требования к рабочей станции (сборка заказчиком)
| Параметр | CellPathfinder |
|---|---|
| Мин. конфигурация — Basic Pack | CPU Intel Xeon (PassMark ≥7389) или экв.; GPU NVIDIA Quadro (PassMark ≥2225) или экв.; ОЗУ 32 ГБ; монитор 1920×1080; сеть 1 узел |
| Рекоменд. конфигурация — с Machine Learning | CPU Intel Xeon (PassMark ≥8492) или быстрее; GPU NVIDIA Quadro (PassMark ≥5653) или быстрее; ОЗУ 64 ГБ; два монитора 1920×1200 или 2560×1440; сеть 10GbE |
| Рекоменд. конфигурация — с Deep Learning | GPU Quadro RTX5000, RTX A4500 или RTX 4000 Ada; ОЗУ 128 ГБ; хранилище: 1-й диск от 1 ТБ, 2-й от 4 ТБ; ОС Windows 11 Pro 25H2, 64-бит |
Стандартная рабочая станция Yokogawa (комплектная поставка)
| Параметр | CellPathfinder |
|---|---|
| Процессор и память | Intel Xeon, 128 ГБ ОЗУ; диски: системный 1 ТБ, данные 4 ТБ |
| Видеокарта | NVIDIA RTX A400 (стандартно) или RTX 4000 Ada (опция повышенной производительности) |
| ОС | Windows 11 IoT Enterprise, 64-бит |
| Монитор | два 27" монитора, разрешение 2560×1440 |
| Корпус и масса | 176,5×452,1×417,9 мм, 17 кг |