Ridom
Программное обеспечение для микробной геномики Ridom SeqSphere+
cgMLST/SNP-типирование бактерий из WGS-данных для эпидемиологического надзора и расследования вспышек
Ridom SeqSphere+ — специализированная среда микробной геномики для эпидемиологического типирования, расследования вспышек и надзора; актуальное название продукта — Bruker MBioSEQ™ Ridom Typer.
Запросить КПКлиент-серверная система автоматизирует контроль качества, сборку коротких и длинных чтений, cgMLST/SNP-типирование, выявление генов антимикробной резистентности, геносеротипирование и сравнение новых изолятов с локальной базой. Связанные представления по времени, месту, объекту и типу, деревья и автоматические кластерные оповещения поддерживают эпидемиологический анализ без написания скриптов.
Входные данные: FASTQ от Illumina, PacBio и Oxford Nanopore, а также Sanger; импорт ACE/BAM/FASTA. Поддерживаются локальная SQL-база, роли и аудит действий, SSL и настраиваемая анонимизация. Клиент: Windows 10/11 или 64-bit Linux, 4 ядра, 16–32 ГБ RAM (для Flye минимум 32 ГБ), 1–2 ТБ; сервер: Windows 10/11 или 64-bit Linux, 4 ядра, 16 ГБ RAM и 1–2 ТБ диска. Продукт предназначен только для исследовательского применения.
Анализ данных
- Автоматизированный конвейер: контроль качества, сборка коротких и длинных чтений (VELVET, SKESA, SPAdes, BWA, Flye, Raven), cgMLST/SNP-типирование
- Идентификация вида по GAMBIT и FASTANI; профилирование резистентности через TB-Profiler и NCBI AMRFinderPlus
- Геносеротипирование Salmonella (SISTR), E. coli и L. monocytogenes
- Реконструкция и характеристика плазмид (MOB-suite, MobileElementFinder)
Работа с данными и совместимость
- Импорт FASTQ с Illumina, PacBio, Oxford Nanopore и Sanger; импорт файлов ACE/BAM/FASTA
- Загрузка полных и черновых геномов из NCBI GENOME и чтений из NCBI SRA; отправка данных в EBI ENA в один клик
- Локальная SQL-база данных с ролями пользователей, аудитом действий и SSL-шифрованием передачи
- Настраиваемая анонимизация метаданных (место, время) перед публикацией в открытых репозиториях
Визуализация и надзор
- 4D-визуализация по времени, месту, объекту и типу во взаимно синхронизированных представлениях
- Филогенетические и minimum spanning деревья, экспорт в публикационном качестве (SVG, EMF)
- Автоматические оповещения о клональной и плазмидной трансмиссии при совпадении с базой
- Графический интерфейс без написания скриптов, работает на Windows и Linux
Входные данные и типирование
| Параметр | Ridom SeqSphere+ |
|---|---|
| Платформы секвенирования | Illumina, PacBio, Oxford Nanopore, Sanger |
| Импорт файлов | FASTQ, ACE, BAM, FASTA |
| Методы типирования | cgMLST, SNP-типирование |
| Идентификация вида | GAMBIT, FASTANI |
| Профилирование резистентности | TB-Profiler, NCBI AMRFinderPlus |
| Геносеротипирование | Salmonella (SISTR), E. coli, L. monocytogenes |
Системные требования — клиент
| Параметр | Ridom SeqSphere+ |
|---|---|
| ОС | Windows 10/11 (64-бит) или Linux 64-бит |
| Процессор | 4 ядра |
| ОЗУ | 16–32 ГБ (для Flye — минимум 32 ГБ) |
| Накопитель | 1–2 ТБ |
Системные требования — сервер
| Параметр | Ridom SeqSphere+ |
|---|---|
| ОС | Windows 10/11 (64-бит) или Linux 64-бит |
| Процессор | 4 ядра |
| ОЗУ | 16 ГБ |
| Накопитель | 1–2 ТБ (рекомендуется SSD; около 1 ТБ на 200 000 образцов при настройках по умолчанию) |
| Порт клиент-сервер | 8064 (настраивается) |
Данные и безопасность
| Параметр | Ridom SeqSphere+ |
|---|---|
| База данных | локальная SQL, роли и аудит действий |
| Шифрование | SSL для передачи данных |
| Назначение | Research Use Only — не для клинической диагностики |