Oxford Nanopore
Программное обеспечение MinKNOW
Управление секвенатором и получение данных в реальном времени со всех приборов Oxford Nanopore
MinKNOW — единая среда управления секвенаторами Oxford Nanopore, сбора сигнала и получения последовательностей в реальном времени.
Запросить КППО запускает и контролирует эксперимент, показывает качество и загрузку пор, выполняет базколлинг, управляет потоковой записью данных и поддерживает Adaptive Sampling для программного обогащения или исключения областей прямо во время секвенирования.
Формирует исходные данные POD5 и результаты FASTQ/BAM в зависимости от настроек; поддерживает аппаратные проверки и контроль проточных ячеек. Поставляется для устройств со встроенными вычислениями и устанавливается на совместимый компьютер для MinION/P2 Solo.
Управление запуском
- Запускает и контролирует эксперимент, показывает качество и загрузку пор в реальном времени
- Позволяет заранее задать цель по объёму данных (например, глубину покрытия) — запуск останавливается автоматически, ячейку можно использовать повторно
- Выполняет базколлинг и управляет потоковой записью данных
Adaptive Sampling
- Программное обогащение или исключение целевых участков прямо во время секвенирования, без предварительной ПЦР-амплификации
- Поддерживает цифровые панели обогащения, включая готовые панели для наследственных онкозаболеваний и фармакогенетики
Данные и совместимость
- Формирует исходные данные POD5 и результаты в форматах FASTQ/BAM в зависимости от настроек
- Устанавливается на совместимый компьютер для MinION и PromethION 2 Solo; для приборов со встроенными вычислениями поставляется предустановленным
Функции
| Параметр | MinKNOW |
|---|---|
| Назначение | управление секвенатором, мониторинг запуска, базколлинг |
| Форматы данных | POD5 (исходные сигналы), FASTQ/BAM (результаты) |
| Целевое обогащение | Adaptive Sampling — обогащение или исключение участков в реальном времени |
Совместимость
| Параметр | MinKNOW |
|---|---|
| Приборы | MinION Mk1D, GridION, PromethION 2 Solo, PromethION 2 Integrated, PromethION 24, PromethION 48 |
| Установка | предустановлено на приборах со встроенными вычислениями; отдельная установка для MinION Mk1D и PromethION 2 Solo |